1、经营对象不同。资本运作的对象是企业的资本以及运动，侧重的是企业经营过程的价值方面，追求价值的增值。而商品经营的对象则是产品以及生产销售过程，经营的基础是厂房、机器设备、产品设计等，侧重的是企业经营过程的使用价值方面。
2、经营领域不同。资本运作主要在资本市场上运作(资本市场包括证券市场和非证券的产权交易市场等)。而企业的商品经营涉及的领域主要是产品的生产技术、原材料的采购和产品的销售，主要是在生产资料市场、劳动力市场、技术市场和商品市场上运作。
3、经营方式和目的不同。商品经营的方式和目的是通过商品销售或提供劳务，实现利润的最大化。资本运作的方式和目的是通过产权的流动和重组，提高资本运营效率和效益。
4、经营导向不同。商品经营较多地受价格信号的控制。资本运作主要受资本市场的制约和资本回报率的限制。
5、经营风险不同。商品经营的企业生存和发展维系在一个或多个产品上，如市场需求发生变化，则会直接影响企业的生存和发展。资本运作的企业则把生存和发展建立在一个或多个产业上，并不断发现新的经济增长点，及时退出风险大的产业，规避风险。
6、企业的发展方式不同。商品经营的企业主要依赖企业自身的积累，通过创造更多的利润并使之转化为资本，增加生产要素和生产能力而获得发展。而资本运作不但注重企业自身的内部积累，更重要的是通过资本外部扩张的方式，使企业快速扩张，发展壮大。
7、资本运作和商品经营是是企业经营相辅相成的两个方面，应当有机地结合起来。商品经营始终是企业运作的基本形式，也是资本运作的基础;资本运作并不能取代商品经营，它通过对生产要素的有效配置，能够扩大企业市场份额，产生规模效益，拓宽经营领域，降低经营风险。