1、本作中主角不再是alex（在本作担任最终boss；邪恶向)，而换成了一个妻子女儿（女儿并未死）双亡誓要杀死alex的特种兵——“james heller”。本作中，alex将heller感染，让其拥有自己的吸收能力，并欺骗heller黑色守望才是幕后主使，是他们杀死heller的亲人，试图利用heller的复仇完成自己的邪恶大计。在heller的劝说下，heller的”神父“选择帮助heller复仇从而消灭幕后主使，并与线人“雅典娜”重新建立联系。
2、在吸收科纳克博士（记不太清楚，就是第一个被杀的进化体）后，主角从记忆中发现其实alex才是幕后主使。从而开始将自己的目标重新转换为alex。不久”神父“被alex的进化体手下杀死。亲之如父的”神父“死亡，深爱之至的妻子女儿的死亡，让heller的胸腔充满怒火，这时候线人“雅典娜”与heller联系，让heller到红区去找她，并且告诉他，他的女儿并没有死。heller突然联想到自己并未看见女儿的尸体，心中存有希望，赶去红区。
3、赶去红区，找到了线人“雅典娜”，经过一系列交谈，heller得知黑色守望正在准备“火鹰计划”，企图将整个红区肃清，而如果任其如此，会危及到自己在红区某处的女儿。就这样，heller破坏了“火鹰计划”。之后heller便去消灭黑色守望的最高指挥官，但在这过程中，heller从指挥官与他人的通话中得知，指挥官也有自己的妻室和女儿，这让他联想到自己的遭遇，被爱奴隶而不忍下手，最终选择放过指挥官。之后指挥官为了报heller的不杀之恩（也有被父爱感动，与heller产生共鸣的影响）帮助heller找到他的女儿，并掩盖真相杀死了自己的两个手下。但却没想到简塔克的负责人（暂称戈洛瓦） 成为了alex的手下，变成进化体并抢先一步劫持了heller的女儿。亲眼见到女儿被伤害的heller终于爆发，仰天怒吼。alex此时的已经注定灭亡。
4、在与“雅典娜”交代好照顾自己女儿的事情后,heller便去寻找alex进行决战。丧心病狂的alex将自己身边所有的手下吸收，与heller对决。heller愈战愈勇，光芒大盛；而alex节节败退，虽然身具强大的力量，却被拥有大量战斗技巧的特种兵heller连败三次，最后被截断双臂，成为heller身体的一部分。从记忆中得知，线人“雅典娜”即“dana”是alex的妹妹。而heller也因吸收了alex的巨大能量，释放出了覆盖了整个红区的触手，消灭了红区所有的行尸走肉。
5、结局，dana,女儿maya在楼顶相拥看黄昏，heller因害怕自己的巨大改变给女儿带来影响，选择回避。就在他转身的时候，maya抱住了他，父女相拥。heller将脸埋在女儿的怀中。